Пов'язання піків із генами
Ви майже готові детальніше дослідити взаємозв'язок між піками, генами та їхніми функціями. Але спершу розгляньмо, як розташування піків співвідноситься з генами. Пакет chipenrich надає корисні функції побудови графіків для цього. Об'єкт peaks містить координати піків, які ви вже використовували. Функція plot_dist_to_tss() може побудувати графік розподілу відстаней між розташуванням піків і сайтом початку транскрипції (TSS) генів.
Функція plot_chipenrich_spline() дає змогу оцінити частоту піків відносно довжини генів. Окрім спостережуваних частот, вона також показує очікувані розподіли для точного критерію Фішера, біноміальної моделі та моделі, яку використовує функція chipenrich().
Ця вправа є частиною курсу
ChIP-seq з Bioconductor у R
Інтерактивна практична вправа
Спробуйте виконати цю вправу, доповнивши цей зразок коду.
# Plot distribution of distances between peaks and transcription start sites
___(___, genome = "hg19")