Зчитування файлів BED
У цій вправі ви завантажите визначені піки з файлу BED і використаєте інформацію про їхні координати, щоб витягти ріди, які перекриваються з піками, з файлу BAM.
Ця вправа є частиною курсу
ChIP-seq з Bioconductor у R
Інструкції до вправи
- Використайте функцію
import.bed, щоб завантажити виклики піків із chr20_peaks. - Використайте ці виклики піків, щоб створити об'єкт
BamViewsдля chr20_bam. - Завантажте ріди, що перекриваються з викликами піків.
Інтерактивна практична вправа
Спробуйте виконати цю вправу, доповнивши цей зразок коду.
# Load peak calls from chr20_peaks
peaks <- ___(chr20_peaks)
# Create a BamViews object
bam_views <- ___(___, bamRanges=peaks)
# Load the reads
reads <- ___(___)