Фільтрування рідів

У цій вправі ви ще більше почистите дані, видаливши ріди з низькою якістю вирівнювання. Щоб зробити це, потрібно завантажити значення якості вирівнювань із файлу BAM. Вони зберігаються в полі mapq.

Ця вправа є частиною курсу

ChIP-seq з Bioconductor у R

Переглянути курс

Інструкції до вправи

Завантажте reads з інформацією про якість вирівнювання, доданою до кожного ріда.
Визначте всі вирівнювання з якістю не менше 20.
Створіть boxplot, щоб порівняти розподіли якості вирівнювань між групами з високою та низькою якістю.
Видаліть усі вирівнювання низької якості.

Інтерактивна практична вправа

Спробуйте виконати цю вправу, доповнивши цей зразок коду.

# Load reads with mapping qualities by requesting the "mapq" entries
reads <- readGAlignments(bam_file, param=ScanBamParam(what=___))

# Identify good quality alignments
high_mapq <- mcols(reads)$mapq >= ___

# Examine mapping quality distribution for high and low quality alignments
___(mcols(reads)$mapq ~ high_mapq, xlab="good quality alignments", ylab="mapping quality")

# Remove low quality alignments
reads_good <- subset(reads, ___)

Редагувати та запускати код