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順列検定：野生型とヘテロ接合体の比較

順列検定を使って、ヘテロ接合体と野生型のバウト長が同一の分布に従うという仮説を検定しましょう。

この演習はコースの一部です

統計的思考 ケーススタディ

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演習の手順

  • 実際のデータセットにおける平均の差（ヘテロ接合体のバウト長から野生型のバウト長を引いた値）を計算し、結果を変数 diff_means_exp に格納しましょう。numpy 配列 bout_lengths_wt と bout_lengths_het はすでに名前空間に用意されています。
  • dcst.draw_perm_reps() を使って、平均の差に関する順列複製を10,000個生成しましょう。dcst.diff_of_means() 関数も使用し、結果を perm_reps に格納してください。
  • p値を計算しましょう。ここでは「実験で観測された値と同程度かそれ以上に極端」とは、帰無仮説のもとでの平均の差が観測値以上になることと定義します。
  • p値を画面に出力しましょう。

実践的なインタラクティブ演習

このサンプルコードを完成させて、この演習に挑戦してみましょう。

# Compute the difference of means: diff_means_exp
diff_means_exp = ____ - ____

# Draw permutation replicates: perm_reps
perm_reps = ____(____, ____, 
                               ____, size=____)

# Compute the p-value: p-val
p_val = ____(____ >= ____) / len(____)

# Print the result
print('p =', p_val)
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