Suddividere il genoma del lievito
I genomi sono spesso grandi, ma di solito l’interesse è concentrato su regioni specifiche. Per questo, dobbiamo creare sottoinsiemi di un genoma estraendone delle parti. Per scegliere un intervallo di sequenza, usa getSeq() e specifica il nome del cromosoma e l’inizio e la fine dell’intervallo.
Il seguente esempio selezionerà le basi di "chrI" da 100 a 150.
getSeq(yeastGenome, names = "chrI", start = 100, end = 150)
Nota: names è opzionale; se non specificato, restituirà tutti i cromosomi. Anche i parametri start ed end sono opzionali e, se omessi, assumeranno rispettivamente i valori predefiniti 1 e la lunghezza della sequenza.
Questo esercizio fa parte del corso
Introduzione a Bioconductor in R
Istruzioni dell'esercizio
- Usa
getSeq()per ottenere le prime 30 basi del cromosoma M ("chrM") nell’oggettoyeastGenome.
Esercizio pratico interattivo
Prova a risolvere questo esercizio completando il codice di esempio.
# Load the yeast genome
library(BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer3)
# Assign data to the yeastGenome object
yeastGenome <- BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer3
# Get the first 30 bases of chrM
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