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Quanti transcript?

Ricordi nel video come abbiamo calcolato la lunghezza degli esoni in uno dei transcript del nostro gene di interesse? Ora tocca a te scoprire quanti transcript ha il gene ABCD1. Puoi scoprirlo usando:

transcriptsBy(x, by = "gene")

Una volta ottenuti tutti i transcript per gene, puoi selezionare qualsiasi gene tramite il suo id. L'id del gene ABCD1 è 215. Un piccolo consiglio per selezionare le informazioni su un gene specifico è usare i backtick attorno all'id del gene, ad esempio transcripts$`215`.

Questo esercizio fa parte del corso

Introduzione a Bioconductor in R

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Istruzioni dell'esercizio

  • Carica il DB dei transcript umani in hg.
  • Pre-filtra il cromosoma X usando seqlevels().
  • Ottieni tutti i transcript in hg per "gene", salva i risultati in hg_chrXt e stampalo.
  • Seleziona il gene `215` da hg_chrXt usando $.

Esercizio pratico interattivo

Prova a risolvere questo esercizio completando il codice di esempio.

# Load the human transcripts DB to hg
library(TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene)
hg <- ___

# Prefilter chromosome X "chrX" using seqlevels()
___(___) <- c(___)

# Get all transcripts by gene and print it
hg_chrXt <- transcriptsBy(___, by = ___)
hg_chrXt

# Select gene `215` from the hg_chrXt
___$___
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