Filtrare le read al volo!
E se, tra tutte le read in un file, ti interessassero solo alcune? Puoi usare un filtro!
Supponiamo che ti interessino solo le read che iniziano con il pattern "ATGCA". Una piccola funzione di filtro può fare al caso tuo, usando la funzione srFilter():
myStartFilter <- srFilter(function(x) substr(sread(x), 1, 5) == "ATGCA")
Questa funzione, che è stata creata per te, prende in input un oggetto derivato da ShortRead e restituisce le read che iniziano con il pattern "ATGCA". Mettiamola subito all'opera!
Questo esercizio fa parte del corso
Introduzione a Bioconductor in R
Esercizio pratico interattivo
Prova a risolvere questo esercizio completando il codice di esempio.
# Load package ShortRead
library(ShortRead)
# Check class of fqsample
___
# Filter reads into selectedReads using myStartFilter
selectedReads <- fqsample[___(___)]
# Check class of selectedReads
___