Ancora filtri!
Ottimo! Ora che hai preso un po’ di dimestichezza con il filtraggio dei read, usiamo la funzione polynFilter(). Questa funzione seleziona i read che contengono meno di un certo numero di nucleotidi ripetuti. Per esempio, polynFilter(threshold = 20, nuc = c("A")) selezionerà tutti i read che contengono meno di 20 A. Il parametro nuc è un vettore di caratteri che contiene simboli IUPAC per i nucleotidi oppure il valore "other" per tutti i simboli non nucleotidici.
L’oggetto fqsample è disponibile nel tuo workspace.
Questo esercizio fa parte del corso
Introduzione a Bioconductor in R
Esercizio pratico interattivo
Prova a risolvere questo esercizio completando il codice di esempio.
# Check reads of fqsample
___
# Create myFil using polynFilter
myFil <- ___
# Check myFil
myFil