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Creare IRanges

Nel video, sono stati mostrati alcuni esempi del costruttore IRanges. Ora tocca a te esercitarti a creare intervalli di sequenza con argomenti diversi e vedere come questi argomenti vengono riutilizzati o integrati.

Usando la funzione IRanges(), puoi specificare parametri come start, end o width. Questi parametri possono rientrare in una delle due categorie:

  • start, end e width sono vettori numerici.
  • Il parametro start è un vettore logico.

Gli argomenti mancanti verranno risolti usando l’equazione width = end - start + 1.

Il costruttore IRanges() indica che tutti i parametri sono facoltativi con valore predefinito NULL:

IRanges(start = NULL, end = NULL, width = NULL, names = NULL)

Questo esercizio fa parte del corso

Introduzione a Bioconductor in R

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Istruzioni dell'esercizio

Crea tre oggetti IRanges con i seguenti argomenti:

  • IRnum1: start uguale a un vettore di valori da 1 a 5 ed end uguale a 100.
  • IRnum2: end uguale a 100 e width uguale sia a 89 che a 10.
  • IRlog1: start uguale a Rle(c(F, T, T, T, F, T, T, T)).
  • Stampa gli oggetti e osserva i risultati!

Esercizio pratico interattivo

Prova a risolvere questo esercizio completando il codice di esempio.

# Load IRanges package
library(___)

# IRnum1: start - vector 1 through 5, end - 100  
IRnum1 <- ___

# IRnum2: end - 100, width - 89 and 10
IRnum2 <- ___

# IRlog1: start = Rle(c(F, T, T, T, F, T, T, T)))
IRlog1 <- IRanges(___ = Rle(___))

# Print objects in a list
print(list(IRnum1 = IRnum1, IRnum2 = IRnum2, IRlog1 = IRlog1))
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