Cromosoma X del genoma umano
Ora tocca a te usare il pacchetto TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene ed estrarne delle informazioni. Come nel video, esegui un sottoinsieme di tutti i geni nel cromosoma X usando la funzione genes() con l'argomento filter impostato per selezionare i casi in cui tx_chrom = "chrX". Poi, esplora questo sottoinsieme di geni.
Ricorda che filter riceve una list() di condizioni di filtro per selezionare intervalli genomici specifici.
Se vuoi provare altri filtri, i nomi validi per questa lista sono: "gene_id", "tx_id", "tx_name", "tx_chrom", "tx_strand", "exon_id", "exon_name", "exon_chrom", "exon_strand", "cds_id", "cds_name", "cds_chrom", "cds_strand" e "exon_rank".
Questo esercizio fa parte del corso
Introduzione a Bioconductor in R
Esercizio pratico interattivo
Prova a risolvere questo esercizio completando il codice di esempio.
# Load human reference genome hg38
library(___)
# Assign hg38 to hg, then print it
___
hg