Accessor di GenomicRanges
Nel precedente esercizio, hai creato un oggetto GRanges a partire da un data frame con le informazioni di base. Scoprirai che GRanges può contenere molto di più!
Usa i metodi di accesso per esplorare l'oggetto GRanges, myGR. Puoi estrarre caratteristiche da un oggetto GRanges come i nomi dei cromosomi, il numero di sequenze, i nomi di ciascuna sequenza, informazioni sullo strand, sullo score, sulla lunghezza e altro ancora.
Di seguito trovi gli accessor di base per GRanges:
seqnames(gr)
ranges(gr)
mcols(gr)
genome(gr)
seqinfo(gr)
Per l'elenco completo degli accessor, puoi controllare methods(class = "GRanges").
Questo esercizio fa parte del corso
Introduzione a Bioconductor in R
Istruzioni dell'esercizio
- Ottieni le informazioni sulle sequenze per
myGR. - Controlla i metadati usando
mcols().
Esercizio pratico interattivo
Prova a risolvere questo esercizio completando il codice di esempio.
# Load GenomicRanges
library(___)
# Print the seqinfo of myGR
___
# Check the metadata
___