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Estrai un campione da un file fastq

Ora tocca a te estrarre un campione da una sequenza con molte read.

Userai lo stesso file letto nell'esercizio precedente. Questo file contiene 500 read, ciascuna di 50 bp. Il percorso del file è salvato in un oggetto chiamato f.

Usando FastqSampler(con = file_path, n = length), set.seed() e yield() puoi ottenere un sottoinsieme di 100 read dal tuo file di sequenze.

Questo esercizio fa parte del corso

Introduzione a Bioconductor in R

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Istruzioni dell'esercizio

  • Carica ShortRead.
  • Usa set.seed() con valore 1234.
  • Usa FastqSampler() con il piccolo file fastq indicato in f e seleziona 100 read.
  • Usa yield() per generare la sotto-sequenza.

Esercizio pratico interattivo

Prova a risolvere questo esercizio completando il codice di esempio.

# Load ShortRead
library(ShortRead)

# Set a seed for sampling
___

# Use FastqSampler with f and select 100 reads
fs <- ___(con = ___, ___ = ___)

# Generate new sample yield
my_sample <- ___

# Print my_sample
___
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