Dati tabellari in Genomic Ranges
Nel video hai visto diversi modi per creare oggetti GRanges. Puoi definire un GRange con il nome della sequenza, e le posizioni di inizio e fine (seqnames, start e end). Se hai i dati in formato tabellare, puoi anche trasformarli in un oggetto GRanges. Usiamo un data frame chiamato seq_intervals, che è con ogni probabilità dove hai memorizzato gli intervalli della tua sequenza. Nota: puoi anche usare un tibble se ti è più familiare.
Userai il data frame predefinito seq_intervals per trasformarlo in un oggetto GRanges usando la funzione as(). La funzione as() è stata introdotta nell’ultimo video: accetta un oggetto e il nome della classe in cui convertirlo.
Questo esercizio fa parte del corso
Introduzione a Bioconductor in R
Istruzioni dell'esercizio
- Carica
GenomicRanges. - Stampa
seq_intervalsper vedere com’è fatto. - Trasforma
seq_intervalsin un oggettoGRanges, chiama il nuovo oggettomyGR. - Stampa
myGR.
Esercizio pratico interattivo
Prova a risolvere questo esercizio completando il codice di esempio.
# Load GenomicRanges package
library(GenomicRanges)
# Print seq_intervals
___
# Create myGR
___ <- ___(___, "___")
# Print myGR
___