Trovare una regione conservata in sei frame
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Ora potrai cercare la sequenza della proteina NS5 nella sequenza del virus Zika. La NS5 è una proteina virale molto conservata. È stata scaricata e caricata per te da Uniprot.
La sequenza DNA del virus Zika è stata trascritta in un RNAStringSet, chiamato rnaframesZikaSet. L’insieme contiene sei frame di lettura (uno per sequenza) da tradurre in amminoacidi. Durante la ricerca, imposterai l’argomento max.mismatch nella chiamata a vcountPattern() per aggiungere flessibilità alla ricerca.
Questo esercizio fa parte del corso
Introduzione a Bioconductor in R
esercizio interattivo pratico
Prova questo esercizio completando questo codice di esempio.
# Print rnaframesZikaSet
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# Translate rnaframesZikaSet
AAzika6F <- ___(___)
AAzika6F