Esplorare la qualità delle sequenze
Ora tocca a te eseguire un controllo di qualità su fqsample. Questo è un passaggio importante prima di procedere con ulteriori analisi, per individuare rapidamente eventuali problemi nei dati.
Per verificare i valori di codifica di ogni lettera in quality(), usa encoding():
encoding(quality(fqsample))
Per un riepilogo della valutazione di qualità (QA) usa qa():
qaSummary <- qa(fqsample, type = "fastq", lane = 1)
Questo qaSummary è già stato creato per te. Gli elementi della QA sono accessibili con qaSummary[["nameElement"]], dove nameElement è il nome dell'elemento che vuoi ispezionare.
Questo esercizio fa parte del corso
Introduzione a Bioconductor in R
Esercizio pratico interattivo
Prova a risolvere questo esercizio completando il codice di esempio.
# Load ShortRead
library(___)
# Check quality
___(___)