Rimozione dei duplicati
È sempre una buona pratica controllare che le tue read di sequenza non contengano troppe duplicazioni.
# Esempio con duplicati di classe: ShortReadQ
dfqsample
# Ottieni le read da dfqsample
mydReads <- sread(dfqsample)
# Conteggio dei duplicati
table(srduplicated(mydReads))
Come rimuoveresti le read duplicate in un file? Fai attenzione a quale condizione usare in questo filtro.
Questo esercizio fa parte del corso
Introduzione a Bioconductor in R
esercizio interattivo pratico
Trasforma la teoria in pratica con uno dei nostri esercizi interattivi
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