Grafici di densità della catena di Markov

Mentre un trace plot cattura il comportamento longitudinale di una catena di Markov, un grafico di densità illustra la distribuzione finale dei valori della catena. A sua volta, il grafico di densità fornisce una approssimazione del modello a posteriori. Costruirai ed esaminerai i grafici di densità della catena di Markov di \(m\) qui sotto. Gli oggetti mcmc.list sleep_sim e il data frame sleep_chains sono nel tuo workspace:

sleep_sim <- coda.samples(model = sleep_jags, variable.names = c("m", "s"), n.iter = 10000)
sleep_chains <- data.frame(sleep_sim[[1]], iter = 1:10000)

Questo esercizio fa parte del corso

Modeling bayesiano con RJAGS

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Istruzioni dell'esercizio

Applica plot() a sleep_sim con trace = FALSE per costruire i grafici di densità per le catene \(m\) e \(s\).
Applica ggplot() a sleep_chains per ricostruire un grafico di densità della catena di \(m\).

Esercizio pratico interattivo

Prova a risolvere questo esercizio completando il codice di esempio.

# Use plot() to construct density plots of the m and s chains


# Use ggplot() to construct a density plot of the m chain
ggplot(___, aes(x = ___)) + 
    ___()

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