Volcano-Plot
Als Nächstes erstellst du einen Volcano-Plot, um das Ausmaß der differentiellen Expression in der Leukämiestudie zu visualisieren. Auf der y-Achse werden die Log-Odds der differentiellen Expression und auf der x-Achse die log2-Fold-Changes dargestellt.
Diese Übung ist Teil des Kurses
Differenzielle Expressionsanalyse mit limma in R
Anleitung zur Übung
Das gefittete Modellobjekt der Leukämiestudie aus Kapitel 2, fit2, ist in deinem Workspace geladen. Das limma-Paket ist bereits geladen.
Erstelle einen Volcano-Plot, der die Top 5 Gene hervorhebt.
Beschrifte die Top 5 Gene mit ihren Gensymbolen, indem du die Spalte
symboldes Data Framesfit2$genesan das Argumentnamesübergibst.
Interaktive Übung
Vervollständige den Beispielcode, um diese Übung erfolgreich abzuschließen.
# Create a volcano plot. Highlight the top 5 genes
___(fit2, highlight = ___, names = ___)