Volcano-Plot

Als Nächstes erstellst du einen Volcano-Plot, um das Ausmaß der differentiellen Expression in der Leukämiestudie zu visualisieren. Auf der y-Achse werden die Log-Odds der differentiellen Expression und auf der x-Achse die log2-Fold-Changes dargestellt.

Diese Übung ist Teil des Kurses

<Kurs>Differenzielle Expressionsanalyse mit limma in R</Kurs>

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Übungsanweisungen

Das gefittete Modellobjekt der Leukämiestudie aus Kapitel 2, fit2, ist in deinem Workspace geladen. Das limma-Paket ist bereits geladen.

Erstelle einen Volcano-Plot, der die Top 5 Gene hervorhebt.
Beschrifte die Top 5 Gene mit ihren Gensymbolen, indem du die Spalte symbol des Data Frames fit2$genes an das Argument names übergibst.

Interaktive praktische Übung

Versuche dich an dieser Übung, indem du diesen Beispielcode vervollständigst.

# Create a volcano plot. Highlight the top 5 genes
___(fit2, highlight = ___, names = ___)

Code bearbeiten und ausführen