Test auf differentielle Expression im Gruppenmittel-Modell

Jetzt, da du die Designmatrix und die Kontrastmatrix festgelegt hast, kannst du auf differentielle Expression testen.

Diese Übung ist Teil des Kurses

Differenzielle Expressionsanalyse mit limma in R

Anleitung zur Übung

Das ExpressionSet-Objekt eset mit den Leukämie-Daten, die Designmatrix (design) und die Kontrastmatrix (cm) wurden in deinem Workspace geladen.

Schätze die Modellkoeffizienten mit lmFit.
Schätze die Kontraste mit contrasts.fit.
Berechne die t-Statistiken mit eBayes.
Fasse die Ergebnisse mit decideTests zusammen. Du musst fit2 nicht so subsetten wie bei der Treatment-Contrasts-Parametrisierung, weil es im Gruppenmittel-Modell keinen Interzept-Term gibt.

Interaktive Übung

Vervollständige den Beispielcode, um diese Übung erfolgreich abzuschließen.

# Load package
library(limma)

# Fit the model
fit <- ___(eset, ___)

# Fit the contrasts
fit2 <- ___(fit, contrasts = ___)

# Calculate the t-statistics for the contrasts
fit2 <- ___(fit2)

# Summarize results
results <- ___(fit2)
summary(results)

Code bearbeiten und ausführen