Designmatrix für 3 Gruppen
Im Hypoxie-Experiment wurden Stammzellen drei verschiedenen Sauerstoffniveaus ausgesetzt: 1 %, 5 % und 21 %. Um die zellulären Funktionen in diesen drei Umgebungen zu vergleichen, verwende die Gruppenmittelwert-Parametrisierung, um ein lineares Modell mit einem Koeffizienten für jedes Sauerstoffniveau anzugeben.
Diese Übung ist Teil des Kurses
<Kurs>Differenzielle Expressionsanalyse mit limma in R</Kurs>Übungsanweisungen
Das ExpressionSet-Objekt eset mit den Hypoxiedaten wurde in deinen Arbeitsbereich geladen.
- Verwende
model.matrix, um eine Designmatrix ohne Achsenabschnitt zu erstellen. Denk daran: Die Variable von Interesse für diese Studie (3 Sauerstoffniveaus) befindet sich in der Spalteoxygendes Phänotyp-Data-Frames.
Interaktive praktische Übung
Versuche dich an dieser Übung, indem du diesen Beispielcode vervollständigst.
# Create design matrix with no intercept
design <- ___(~___ + ___, data = ___(eset))
# Count the number of samples modeled by each coefficient
colSums(design)