Auf Differentialexpression testen

Nachdem du eine Designmatrix und eine Kontrastmatrix definiert hast, kannst du nun für beide Maustypen auf Differentialexpression durch die Doxorubicin-Behandlung testen.

Diese Übung ist Teil des Kurses

Differenzielle Expressionsanalyse mit limma in R

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Anleitung zur Übung

Das ExpressionSet-Objekt eset mit den Doxorubicin-Daten, die Designmatrix design und die Kontrastmatrix cm wurden in deinen Workspace geladen. Das Paket limma ist bereits geladen.

Schätze die Modellkoeffizienten mit lmFit.
Fitte die Kontraste mit contrasts.fit.
Berechne die t-Statistiken mit eBayes.
Fasse die Ergebnisse mit decideTests und vennDiagram zusammen.

Interaktive Übung

Vervollständige den Beispielcode, um diese Übung erfolgreich abzuschließen.

# Fit the model
fit <- ___(eset, ___)

# Fit the contrasts
fit2 <- ___(fit, contrasts = ___)

# Calculate the t-statistics for the contrasts
fit2 <- ___(fit2)

# Summarize results
results <- ___(fit2)
summary(results)

# Create a Venn diagram
___(results)

Code bearbeiten und ausführen