Test auf differentielle Expression für 2×2-Faktorielles Design

Auch wenn du mehr Kontraste als in den bisherigen Beispielen hast, bleibt die Pipeline zum Testen auf differentielle Expression mit limma dieselbe.

Diese Übung ist Teil des Kurses

Differenzielle Expressionsanalyse mit limma in R

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Anleitung zur Übung

Das ExpressionSet-Objekt eset mit den Populus-Daten, die Designmatrix (design) und die Kontrastmatrix (cm) wurden in deinen Workspace geladen.

Schätze die Modellkoeffizienten mit lmFit.
Passe die Kontraste mit contrasts.fit an.
Berechne die t-Statistiken mit eBayes.
Fasse die Ergebnisse mit decideTests zusammen.

Interaktive Übung

Vervollständige den Beispielcode, um diese Übung erfolgreich abzuschließen.

# Load package
library(limma)

# Fit the model
fit <- ___(eset, ___)

# Fit the contrasts
fit2 <- ___(fit, contrasts = ___)

# Calculate the t-statistics for the contrasts
fit2 <- ___(fit2)

# Summarize results
results <- ___(fit2)
summary(results)

Code bearbeiten und ausführen