Test auf differentielle Expression für 2×2-Faktorielles Design

Auch wenn du mehr Kontraste als in den bisherigen Beispielen hast, bleibt die Pipeline zum Testen auf differentielle Expression mit limma dieselbe.

Diese Übung ist Teil des Kurses

<Kurs>Differenzielle Expressionsanalyse mit limma in R</Kurs>

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Übungsanweisungen

Das ExpressionSet-Objekt eset mit den Populus-Daten, die Designmatrix (design) und die Kontrastmatrix (cm) wurden in deinen Workspace geladen.

Schätze die Modellkoeffizienten mit lmFit.
Passe die Kontraste mit contrasts.fit an.
Berechne die t-Statistiken mit eBayes.
Fasse die Ergebnisse mit decideTests zusammen.

Interaktive praktische Übung

Versuche dich an dieser Übung, indem du diesen Beispielcode vervollständigst.

# Load package
library(limma)

# Fit the model
fit <- ___(eset, ___)

# Fit the contrasts
fit2 <- ___(fit, contrasts = ___)

# Calculate the t-statistics for the contrasts
fit2 <- ___(fit2)

# Summarize results
results <- ___(fit2)
summary(results)

Code bearbeiten und ausführen