KEGG‑Signalwege

Um die Interpretation von Ergebnissen der differentiellen Expression zu unterstützen, wird häufig getestet, ob bekannte Genmengen angereichert sind. Die KEGG-Datenbank enthält kuratierte Mengen von Genen, die in demselben biologischen Signalweg miteinander interagieren. Welche KEGG-Signalwege sind in den differentiell exprimierten Genen der Leukämiestudie überrepräsentiert?

Diese Übung ist Teil des Kurses

Differenzielle Expressionsanalyse mit limma in R

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Anleitung zur Übung

Das angepasste Modellobjekt der Leukämiestudie aus Kapitel 2, fit2, wurde in deinen Arbeitsbereich geladen. Das Paket limma ist bereits geladen.

Extrahiere die Entrez-Gene-IDs aus dem Data Frame fit2$genes.
Teste mit kegga auf angereicherte KEGG-Signalwege. Setze die Spezies auf "Hs" für Homo sapiens.
Zeige die Top 20 der angereicherten KEGG-Signalwege mit topKEGG an.

Interaktive Übung

Vervollständige den Beispielcode, um diese Übung erfolgreich abzuschließen.

# Extract the entrez gene IDs
entrez <- fit2$genes[___]

# Test for enriched KEGG Pathways
enrich_kegg <- ___(fit2, geneid = entrez, species = ___)

# View the top 20 enriched KEGG pathways
___(enrich_kegg)

Code bearbeiten und ausführen