Volcano-Plot
Jetzt visualisierst du das Ausmaß der differentiellen Expression für jeden Kontrast mit einem Volcano-Plot. Auf der y-Achse stehen die Log-Odds der differentiellen Expression, auf der x-Achse die log2-Fold-Change.
Diese Übung ist Teil des Kurses
Differenzielle Expressionsanalyse mit limma in R
Anleitung zur Übung
Das angepasste Modellobjekt fit2 wurde in deinen Workspace geladen. Das Paket limma ist bereits geladen.
Greife auf die Gensymbole (
symbol) aus dem Data-Framefit2$geneszu.Erstelle einen Volcano-Plot, der die Top 5 Gene für jeden der 3 Kontraste hervorhebt.
Interaktive Übung
Vervollständige den Beispielcode, um diese Übung erfolgreich abzuschließen.
# Extract the gene symbols
gene_symbols <- fit2$genes[___]
# Create a volcano plot for the contrast dox_wt
___(fit2, coef = ___, highlight = 5, names = gene_symbols)
# Create a volcano plot for the contrast dox_top2b
___(fit2, coef = ___, highlight = ___, names = gene_symbols)
# Create a volcano plot for the contrast interaction
___(fit2, coef = ___, highlight = ___, names = ___)