Kontrastmatrix für 2x2-Faktoriell

In einem 2x2-faktoriellen Design gibt es viele mögliche Kontraste. Du sollst die Unterschiede zwischen den Baumtypen in jeder Wasserbedingung testen, die Unterschiede in der Reaktion auf Trockenstress für jeden Baumtyp sowie die Unterschiede in der Reaktion auf Trockenstress zwischen den beiden Baumtypen (traditionell als Interaktionseffekt bezeichnet).

Diese Übung ist Teil des Kurses

<Kurs>Differenzielle Expressionsanalyse mit limma in R</Kurs>

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Übungsanweisungen

Das ExpressionSet-Objekt eset mit den Populus-Daten sowie die soeben erstellte Designmatrix (design) wurden in deinen Arbeitsbereich geladen.

Erstelle type_drought, um den Effekt des Baumtyps (NM6 vs. DN34) unter Trockenstress zu testen.
Erstelle water_dn34, um den Effekt des Trockenstresses bei den DN34-Bäumen zu testen.
Erstelle einen Interaktionsterm, um Unterschiede in der Reaktion auf Trockenstress zwischen den beiden Baumtypen zu testen (Tipp: kontrastiere water_nm6 und water_dn34).

Interaktive praktische Übung

Versuche dich an dieser Übung, indem du diesen Beispielcode vervollständigst.

# Load package
library(limma)

# Create a contrasts matrix
cm <- makeContrasts(type_normal = nm6.normal - dn34.normal,
                    type_drought = ___ - ___,
                    water_nm6 = nm6.drought - nm6.normal,
                    water_dn34 = ___ - ___,
                    interaction = (___ - ___) - (___ - ___),
                    levels = design)

# View the contrasts matrix
cm

Code bearbeiten und ausführen