Designmatrix für das Gruppenmittel-Modell
Im vorherigen Kapitel hast du die Leukämie-Daten mit der herkömmlichen Treatment-Contrasts-Parametrisierung auf differentiell exprimierte Gene getestet. Als ersten Schritt hin zur flexibleren Gruppenmittel-Parametrisierung testest du die Leukämie-Daten erneut, um zu bestätigen, dass du die gleichen Ergebnisse erhältst.
Diese Übung ist Teil des Kurses
Differenzielle Expressionsanalyse mit limma in R
Anleitung zur Übung
Das ExpressionSet-Objekt eset mit den Leukämie-Daten wurde in deinen Arbeitsbereich geladen.
- Verwende
model.matrix, um eine Designmatrix ohne Achsenabschnitt zu erstellen. Denk daran, dass die Variable von Interesse für diese Studie (progressive vs. stabile Tumoren) in der SpalteDiseasedes Phenotyp-Dataframes steht.
Interaktive Übung
Vervollständige den Beispielcode, um diese Übung erfolgreich abzuschließen.
# Create design matrix with no intercept
design <- ___(~___ + ___, data = ___(eset))
# Count the number of samples modeled by each coefficient
colSums(design)