Designmatrix für das Gruppenmittel-Modell

Im vorherigen Kapitel hast du die Leukämie-Daten mit der herkömmlichen Treatment-Contrasts-Parametrisierung auf differentiell exprimierte Gene getestet. Als ersten Schritt hin zur flexibleren Gruppenmittel-Parametrisierung testest du die Leukämie-Daten erneut, um zu bestätigen, dass du die gleichen Ergebnisse erhältst.

Diese Übung ist Teil des Kurses

<Kurs>Differenzielle Expressionsanalyse mit limma in R</Kurs>

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Übungsanweisungen

Das ExpressionSet-Objekt eset mit den Leukämie-Daten wurde in deinen Arbeitsbereich geladen.

Verwende model.matrix, um eine Designmatrix ohne Achsenabschnitt zu erstellen. Denk daran, dass die Variable von Interesse für diese Studie (progressive vs. stabile Tumoren) in der Spalte Disease des Phenotyp-Dataframes steht.

Interaktive praktische Übung

Versuche dich an dieser Übung, indem du diesen Beispielcode vervollständigst.

# Create design matrix with no intercept
design <- ___(~___ + ___, data = ___(eset))

# Count the number of samples modeled by each coefficient
colSums(design)

Code bearbeiten und ausführen