Kontrastmatrix

Um den Effekt von Doxorubicin auf die Herzen von Wildtyp- und Top2b-Null-Mäusen (und jede Interaktion zwischen Behandlung und Genotyp) zu testen, musst du die Koeffizienten aus der Designmatrix kontrastieren.

Diese Übung ist Teil des Kurses

Differenzielle Expressionsanalyse mit limma in R

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Anleitung zur Übung

Das ExpressionSet-Objekt eset mit den Doxorubicin-Daten und die Designmatrix design wurden in deinen Workspace geladen. Das limma-Paket ist bereits geladen.

Erstelle dox_wt, um den Effekt von Doxorubicin bei den Wildtyp-Mäusen zu testen.
Erstelle dox_top2b, um den Effekt von Doxorubicin bei den Top2b-Null-Mäusen zu testen.
Erstelle einen Interaktionsterm, um Unterschiede in der Antwort auf Doxorubicin zwischen den beiden Maus-Typen zu testen (Tipp: kontrastiere dox_top2b und dox_wt).

Interaktive Übung

Vervollständige den Beispielcode, um diese Übung erfolgreich abzuschließen.

# Create a contrasts matrix
cm <- makeContrasts(dox_wt = ___ - ___,
                    dox_top2b = ___ - ___,
                    interaction = (___ - ___) - (___ - ___),
                    levels = design)

# View the contrasts matrix
cm

Code bearbeiten und ausführen