Teste auf differentielle Expression zwischen 2 Gruppen

Jetzt, da du ein ExpressionSet-Objekt und eine Designmatrix hast, kannst du dein Modell mit limma fitten und testen.

Diese Übung ist Teil des Kurses

Differenzielle Expressionsanalyse mit limma in R

Anleitung zur Übung

Das ExpressionSet-Objekt eset mit den Leukämie-Daten und die soeben erstellte Designmatrix (design) wurden in deinen Arbeitsbereich geladen.

Fitte die Modellkoeffizienten mit lmFit.
Berechne die t-Statistiken mit eBayes.
Fasse die Ergebnisse mit decideTests zusammen.
Da es keinen Sinn ergibt, den Achsenabschnitt zu testen, gib beim Ausführen von decideTests den Koeffizienten "Diseasestable" an.

Interaktive Übung

Vervollständige den Beispielcode, um diese Übung erfolgreich abzuschließen.

# Load package
library(limma)

# Fit the model
fit <- ___(eset, ___)

# Calculate the t-statistics
fit <- ___(fit)

# Summarize results
results <- ___(fit[, "___"])
summary(results)

Code bearbeiten und ausführen