Teste auf differentielle Expression zwischen 2 Gruppen

Jetzt, da du ein ExpressionSet-Objekt und eine Designmatrix hast, kannst du dein Modell mit limma fitten und testen.

Diese Übung ist Teil des Kurses

<Kurs>Differenzielle Expressionsanalyse mit limma in R</Kurs>

Übungsanweisungen

Das ExpressionSet-Objekt eset mit den Leukämie-Daten und die soeben erstellte Designmatrix (design) wurden in deinen Arbeitsbereich geladen.

Fitte die Modellkoeffizienten mit lmFit.
Berechne die t-Statistiken mit eBayes.
Fasse die Ergebnisse mit decideTests zusammen.
Da es keinen Sinn ergibt, den Achsenabschnitt zu testen, gib beim Ausführen von decideTests den Koeffizienten "Diseasestable" an.

Interaktive praktische Übung

Versuche dich an dieser Übung, indem du diesen Beispielcode vervollständigst.

# Load package
library(limma)

# Fit the model
fit <- ___(eset, ___)

# Calculate the t-statistics
fit <- ___(fit)

# Summarize results
results <- ___(fit[, "___"])
summary(results)

Code bearbeiten und ausführen