Variationsquellen prüfen

Als Nächstes sollst du mit einer Hauptkomponentenanalyse die Variationsquellen in den Daten prüfen. Clustern die Proben nach ihrem Genotyp (WT vs. Top2b null) und ihrer Behandlung (PBS vs. Dox)?

Diese Übung ist Teil des Kurses

<Kurs>Differenzielle Expressionsanalyse mit limma in R</Kurs>

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Übungsanweisungen

Das ExpressionSet-Objekt eset mit den Doxorubicin-Daten wurde in deinen Workspace geladen. Das limma-Paket ist bereits geladen.

Verwende plotMDS, um die Hauptkomponenten zu visualisieren. Beschrifte die Proben nach ihrem Genotyp.
Visualisiere die Hauptkomponenten erneut und beschrifte die Proben diesmal nach ihrer Behandlung.

Interaktive praktische Übung

Versuche dich an dieser Übung, indem du diesen Beispielcode vervollständigst.

# Plot principal components labeled by genotype
___(eset, labels = ___(eset)[___], gene.selection = "common")

# Plot principal components labeled by treatment
___(eset, labels = ___(eset)[___], gene.selection = "common")

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