Variationsquellen prüfen
Als Nächstes sollst du mit einer Hauptkomponentenanalyse die Variationsquellen in den Daten prüfen. Clustern die Proben nach ihrem Genotyp (WT vs. Top2b null) und ihrer Behandlung (PBS vs. Dox)?
Diese Übung ist Teil des Kurses
Differenzielle Expressionsanalyse mit limma in R
Anleitung zur Übung
Das ExpressionSet-Objekt eset mit den Doxorubicin-Daten wurde in deinen Workspace geladen. Das limma-Paket ist bereits geladen.
Verwende
plotMDS, um die Hauptkomponenten zu visualisieren. Beschrifte die Proben nach ihrem Genotyp.Visualisiere die Hauptkomponenten erneut und beschrifte die Proben diesmal nach ihrer Behandlung.
Interaktive Übung
Vervollständige den Beispielcode, um diese Übung erfolgreich abzuschließen.
# Plot principal components labeled by genotype
___(eset, labels = ___(eset)[___], gene.selection = "common")
# Plot principal components labeled by treatment
___(eset, labels = ___(eset)[___], gene.selection = "common")