Kontrastmatrix für Gruppenmittelwerte

Da du die Parametrisierung über Gruppenmittelwerte verwendest, gibt es in der limma-Pipeline jetzt einen zusätzlichen Schritt. Die Koeffizienten stehen nun für den mittleren Expressionswert der beiden Probengruppen. Daher musst du einen individuellen Kontrast angeben, um die Unterschiede zwischen den progressiven und stabilen Leukämien zu testen.

Diese Übung ist Teil des Kurses

Differenzielle Expressionsanalyse mit limma in R

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Anleitung zur Übung

Das ExpressionSet-Objekt eset mit den Leukämiedaten und die soeben erstellte Designmatrix (design) wurden in deinen Arbeitsbereich geladen.

Verwende makeContrasts, um den Kontrast status zu definieren, also die Differenz im mittleren Expressionsniveau zwischen den progressiven und stabilen Krebserkrankungen.
Übergebe die Designmatrix design an das Argument levels. Dadurch können die Spaltennamen von design (die den Koeffizienten entsprechen) in den Kontrastdefinitionen verwendet werden.

Interaktive Übung

Vervollständige den Beispielcode, um diese Übung erfolgreich abzuschließen.

# Load package
library(limma)

# Create a contrasts matrix
cm <- ___(status = ___ - ___,
                    levels = ___)

# View the contrasts matrix
cm

Code bearbeiten und ausführen