Designmatrix für 2x2-Faktorielles Design
In diesem 2x2-faktoriellen Experiment zur Untersuchung des Einflusses von Trockenstress auf das Baumwachstum wurden 2 verschiedene Populus-Typen mit 2 unterschiedlichen Wassermengen kultiviert. Damit dein Modell einen Koeffizienten pro Gruppe hat, musst du die beiden Variablen zunächst kombinieren.
Diese Übung ist Teil des Kurses
Differenzielle Expressionsanalyse mit limma in R
Anleitung zur Übung
Das ExpressionSet-Objekt eset mit den Populus-Daten wurde in deinen Arbeitsbereich geladen.
Kombiniere die Variablen
type(der Baumtyp) undwater(normal vs. Trockenstress) zu einer einzelnen Faktorvariablen.Verwende
model.matrix, um eine Designmatrix ohne Interzept zu erstellen.
Interaktive Übung
Vervollständige den Beispielcode, um diese Übung erfolgreich abzuschließen.
# Create single variable
group <- with(___(eset), paste(___, ___, sep = "."))
group <- factor(group)
# Create design matrix with no intercept
design <- model.matrix(~___ + ___)
colnames(design) <- levels(group)
# Count the number of samples modeled by each coefficient
colSums(design)