Gene-Ontology-Kategorien

In der vorherigen Übung hast du auf die Anreicherung biologischer Signalwege getestet. Jetzt testest du auf Anreicherung in Gensets, von denen bekannt ist, dass sie denselben biologischen Prozess beeinflussen – den sogenannten Gene Ontology (GO)-Kategorien. Welche GO-Kategorien sind bei den differenziell exprimierten Genen aus der Leukämiestudie überrepräsentiert?

Diese Übung ist Teil des Kurses

<Kurs>Differenzielle Expressionsanalyse mit limma in R</Kurs>

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Übungsanweisungen

Das angepasste Modellobjekt der Leukämiestudie aus Kapitel 2, fit2, wurde in deinen Arbeitsbereich geladen. Das Paket limma ist bereits geladen.

Extrahiere die Entrez-Gene-IDs aus dem Data Frame fit2$genes.
Teste auf angereicherte GO-Kategorien mit goana. Setze die Spezies auf "Hs" für Homo sapiens.
Zeige die Top 20 angereicherten GO-Kategorien mit topGO an. Setze das Argument ontology auf "BP", um Biological Processes zurückzugeben.

Interaktive praktische Übung

Versuche dich an dieser Übung, indem du diesen Beispielcode vervollständigst.

# Extract the entrez gene IDs
entrez <- ___

# Test for enriched GO categories
enrich_go <- ___(fit2[1:500, ], geneid = ___, species = ___)

# View the top 20 enriched GO Biological Processes
___(enrich_go, ontology = ___)

Code bearbeiten und ausführen