Kontrastmatrix für 3 Gruppen

Um die differentiell exprimierten Gene zwischen den drei Sauerstoffstufen zu identifizieren, musst du drei paarweise Kontraste definieren.

Diese Übung ist Teil des Kurses

<Kurs>Differenzielle Expressionsanalyse mit limma in R</Kurs>

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Übungsanweisungen

Das ExpressionSet-Objekt eset mit den Hypoxie-Daten und die soeben erstellte Designmatrix (design) wurden in deinen Workspace geladen.

Verwende makeContrasts, um die drei paarweisen Kontraste zu definieren. Denk daran, die Spaltennamen aus der Designmatrix zu verwenden, und zwar ohne Anführungszeichen.

Interaktive praktische Übung

Versuche dich an dieser Übung, indem du diesen Beispielcode vervollständigst.

# Load package
library(limma)

# Create a contrasts matrix
cm <- makeContrasts(ox05vox01 = ___ - ___,
                    ox21vox01 = ___ - ___,
                    ox21vox05 = ___ - ___,
                    levels = design)

# View the contrasts matrix
cm

Code bearbeiten und ausführen