Kontrastmatrix für 3 Gruppen
Um die differentiell exprimierten Gene zwischen den drei Sauerstoffstufen zu identifizieren, musst du drei paarweise Kontraste definieren.
Diese Übung ist Teil des Kurses
Differenzielle Expressionsanalyse mit limma in R
Anleitung zur Übung
Das ExpressionSet-Objekt eset mit den Hypoxie-Daten und die soeben erstellte Designmatrix (design) wurden in deinen Workspace geladen.
- Verwende
makeContrasts, um die drei paarweisen Kontraste zu definieren. Denk daran, die Spaltennamen aus der Designmatrix zu verwenden, und zwar ohne Anführungszeichen.
Interaktive Übung
Vervollständige den Beispielcode, um diese Übung erfolgreich abzuschließen.
# Load package
library(limma)
# Create a contrasts matrix
cm <- makeContrasts(ox05vox01 = ___ - ___,
ox21vox01 = ___ - ___,
ox21vox05 = ___ - ___,
levels = design)
# View the contrasts matrix
cm