Erzeuge ein Boxplot mit einem ExpressionSet-Objekt

Jetzt, da du alle experimentellen Daten in einem einzigen ExpressionSet-Objekt zusammengeführt hast, ist es bequemer, Features und Stichproben zu subsetten. In dieser Übung erstellst du erneut ein Boxplot, um ein Gen zu visualisieren, subsettest diesmal aber auch die Stichproben, die in der Grafik enthalten sind.

Diese Übung ist Teil des Kurses

<Kurs>Differenzielle Expressionsanalyse mit limma in R</Kurs>

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Übungsanweisungen

Das ExpressionSet eset wurde in deinen Arbeitsbereich geladen.

Subsette eset auf nur die ersten 10 Stichproben (Spalten).
Erzeuge ein Boxplot des 1000. Gens (d. h. der Zeile) in eset_sub mithilfe der Accessor-Funktionen exprs, pData und fData.

Interaktive praktische Übung

Versuche dich an dieser Übung, indem du diesen Beispielcode vervollständigst.

# Subset to only include the first 10 samples (columns)
eset_sub <- eset[___]

# Check the dimensions of the subset
dim(eset_sub)

# Create a boxplot of the 1000th gene in eset_sub
boxplot(___(eset_sub)[___, ] ~ ___(eset_sub)[, "Disease"],
        main = ___(eset_sub)[___, "symbol"])

Code bearbeiten und ausführen