Pathway-Enrichment

Um den Effekt der differentiell exprimierten Gene in der Doxorubicin-Studie besser zu verstehen, testest du auf eine Anreicherung bekannter biologischer Pathways aus der KEGG-Datenbank. Welche KEGG-Pathways sind in den differentiell exprimierten Genes für die Kontraste "dox_wt" und "interaction" überrepräsentiert?

Diese Übung ist Teil des Kurses

Differenzielle Expressionsanalyse mit limma in R

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Anleitung zur Übung

Das gefittete Modellobjekt fit2 wurde in deinen Workspace geladen. Das Paket limma ist bereits geladen.

Extrahiere die Entrez-Gene-IDs aus dem Dataframe fit2$genes.
Teste mit kegga für den Kontrast "dox_wt" auf angereicherte KEGG-Pathways. Setze die Spezies auf "Mm" für Mus musculus.
Zeige die Top 5 der angereicherten KEGG-Pathways mit topKEGG an.
Wiederhole das Pathway-Enrichment für den Kontrast "interaction".

Interaktive Übung

Vervollständige den Beispielcode, um diese Übung erfolgreich abzuschließen.

# Extract the entrez gene IDs
entrez <- ___

# Test for enriched KEGG Pathways for contrast dox_wt
enrich_dox_wt <- ___(fit2, coef = ___, geneid = entrez, species = ___)

# View the top 5 enriched KEGG pathways
___(enrich_dox_wt, number = 5)

# Test for enriched KEGG Pathways for contrast interaction
enrich_interaction <- ___(fit2, coef = ___, geneid = ___, species = ___)

# View the top 5 enriched KEGG pathways
___(___, number = ___)

Code bearbeiten und ausführen