Erstelle ein ExpressionSet-Objekt

Drei verschiedene Datensätze für ein Experiment zu verwalten, ist mühsam und fehleranfällig, besonders wenn du Filter anwenden musst. Fasse die drei Datensätze aus dem Leukämie-Experiment mit der Bioconductor-Klasse ExpressionSet zu einem einheitlichen Objekt zusammen.

Diese Übung ist Teil des Kurses

Differenzielle Expressionsanalyse mit limma in R

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Anleitung zur Übung

Die Expressionsmatrix (x), die Feature-Daten (f) und die Phänotyp-Daten (p) sind in deinem Workspace geladen.

Erstelle ein neues ExpressionSet-Objekt mit der Funktion ExpressionSet.
Übergebe die Expressionsmatrix an das Argument assayData.
Übergebe den Phänotyp-Data-Frame an das Argument phenoData.
Übergebe den Feature-Data-Frame an das Argument featureData.

Interaktive Übung

Vervollständige den Beispielcode, um diese Übung erfolgreich abzuschließen.

# Load package
library(Biobase)

# Create ExpressionSet object
eset <- ___(assayData = ___,
                      phenoData = AnnotatedDataFrame(___),
                      featureData = AnnotatedDataFrame(___))

# View the number of features (rows) and samples (columns)
dim(eset)

Code bearbeiten und ausführen