Designmatrix

Das Doxorubicin-Experiment hat ein 2x2-faktorielles Design. Daher musst du eine kombinierte Variable erstellen, um die Gruppenmittel-Parametrisierung zu verwenden.

Diese Übung ist Teil des Kurses

Differenzielle Expressionsanalyse mit limma in R

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Anleitung zur Übung

Das ExpressionSet-Objekt eset mit den Doxorubicin-Daten wurde in deinen Arbeitsbereich geladen.

Fasse die Variablen genotype (WT vs. Top2b null) und treatment (PBS vs. Dox) zu einer einzelnen Faktor-Variable zusammen.
Verwende model.matrix, um eine Designmatrix ohne Achsenabschnitt (Intercept) zu erstellen.

Interaktive Übung

Vervollständige den Beispielcode, um diese Übung erfolgreich abzuschließen.

# Create single variable
group <- with(___(eset), paste(___, ___, sep = "."))
group <- factor(group)

# Create design matrix with no intercept
design <- model.matrix(~___ + ___)
colnames(design) <- levels(group)

# Count the number of samples modeled by each coefficient
colSums(design)

Code bearbeiten und ausführen