Boxplot von Top2b
Als Nächster Schritt ein Plausibilitätscheck: Erstelle einen Boxplot des Expressionsniveaus von Top2b, um zu bestätigen, dass die Null-Mäuse niedrigere Top2b-Expression haben.
Zur Erinnerung: Einen ähnlichen Boxplot hast du in Kapitel 1, Übung 4 erstellt.
Diese Übung ist Teil des Kurses
Differenzielle Expressionsanalyse mit limma in R
Anleitung zur Übung
Das ExpressionSet-Objekt eset mit den Doxorubicin-Daten wurde in deinen Arbeitsbereich geladen.
Finde die Zeile mit den Top2b-Daten, indem du in der Feature-Daten-Spalte
"symbol"nach"Top2b"suchst.Erstelle einen Boxplot mit der Formelsyntax. Das Expressionsniveau sollte links von
~stehen, die Genotyp-Variable rechts.Übergib die Zeile des Feature-Datenrahmens an
main, um den Plot zu betiteln.
Interaktive Übung
Vervollständige den Beispielcode, um diese Übung erfolgreich abzuschließen.
# Find the row which contains Top2b expression data
top2b <- which(___(eset)[___] == "Top2b")
# Plot Top2b expression versus genotype
boxplot(___(eset)[top2b, ] ~ ___(eset)[___],
main = ___(eset)[top2b, ])