關鍵差異的基因
找出 ChIP-seq 的峰值很重要，但它本身並不告訴你細胞內到底發生了什麼。
在這個練習裡，你會先一步看看如何運用基因組註釋來解讀 ChIP-seq 的結果。已經替你在 R 工作階段載入了兩組基因。第一個 ar_sets，包含與原發腫瘤與抗治療腫瘤的峰值相關聯的所有基因清單。第二個 db_sets 是第一組的子集，只包含在兩種條件間顯示出差異性結合證據之峰值所對應的基因。
你將使用 UpSetR 套件的 upset() 函式，來視覺化原發與抗治療腫瘤樣本之間基因集合的重疊情形。
本練習屬於課程
在 R 中使用 Bioconductor 進行 ChIP-seq
練習說明
- 檢視儲存在
ar_sets物件中的完整基因集合。 - 使用
upset()函式視覺化兩組之間的重疊。 - 檢視具有差異性結合的基因。
- 使用
upset()函式視覺化兩組之間差異性結合峰值的重疊。
動手互動練習
試著完成這個範例程式碼，體驗一下這個練習。
# Take a look at the full gene sets
print(___)
# Visualise the overlap between the two groups using the `upset` function
upset(fromList(___))
# Print the genes with differential binding
___(db_sets)
# Visualise the overlap of differentially bound peaks between the two groups using the `upset` function
___(fromList(___))