配適模型
現在你已準備好進行差異性結合分析。這會告訴你哪一些 peak 在兩種腫瘤型別之間的強度有顯著差異。找出哪些 peak 在族群間不同，將成為後續分析的基礎，以釐清導致這些差異的機制。現在先來找出差異結合的 peak。DiffBind 的 dba.analyze() 函式可以做到這點。在前一個練習中，你已經建立了腫瘤型別之間比較所需的對比（contrast）。使用包含該對比的物件，你只要呼叫 dba.analyze() 就能完成其餘步驟。
本練習屬於課程
在 R 中使用 Bioconductor 進行 ChIP-seq
練習說明
- 檢視
ar_binding物件，確認其中包含所需的對比（contrast）。 - 執行差異性結合分析。
- 檢視結果。
動手互動練習
試著完成這個範例程式碼，體驗一下這個練習。
# Examine the `ar_binding` object to confirm that it contains the required contrast
print(___)
# Run the differential binding analysis
ar_diff <- ___(ar_binding)
# Examine the result
print(___)