將峰與基因建立關聯
你已經快要準備好,更深入地探討峰(peaks)、基因與其功能之間的關係。不過在此之前,先仔細看看峰的位置如何對應到基因。chipenrich 套件為此提供了實用的繪圖函式。peaks 物件包含你先前使用的峰座標。plot_dist_to_tss() 函式可以繪製峰位置與基因轉錄起始位點(TSS)之間距離分佈的圖。
plot_chipenrich_spline() 函式讓你可以評估相對於基因長度的峰出現頻率。除了實際觀察到的頻率外,它也會繪出供 Fisher 精確檢定、二項式模型,以及 chipenrich() 所使用模型的預期分佈。
本練習屬於課程
在 R 中使用 Bioconductor 進行 ChIP-seq
動手互動練習
試著完成這個範例程式碼,體驗一下這個練習。
# Plot distribution of distances between peaks and transcription start sites
___(___, genome = "hg19")