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MA 圖

MA 圖會將兩個群組之間的差異,依相對於平均訊號強度來視覺化。這有助於評估資料中可能的偏差。一般而言,大多數 peak 的強度在不同條件下不會改變。也就是說,圖上的點應該圍繞在 0 的水平線,代表沒有變化。MA 圖也很適合快速掌握群組之間差異的幅度。

和你先前使用的繪圖函式一樣,DiffBind 提供了 dba.plotMA() 這個可以從 DBA 物件擷取所有必要資訊來建立 MA 圖的函式。

本練習屬於課程

在 R 中使用 Bioconductor 進行 ChIP-seq

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練習說明

  • 使用 dba.plotMA() 函式建立一個 MA 圖。
  • 看一下這張圖,注意顯著差異是如何被標示出來的。

動手互動練習

試著完成這個範例程式碼,體驗一下這個練習。

# Create an MA plot
___(ar_diff)
編輯並執行程式碼