MA 圖
MA 圖會將兩個群組之間的差異,依相對於平均訊號強度來視覺化。這有助於評估資料中可能的偏差。一般而言,大多數 peak 的強度在不同條件下不會改變。也就是說,圖上的點應該圍繞在 0 的水平線,代表沒有變化。MA 圖也很適合快速掌握群組之間差異的幅度。
和你先前使用的繪圖函式一樣,DiffBind 提供了 dba.plotMA() 這個可以從 DBA 物件擷取所有必要資訊來建立 MA 圖的函式。
本練習屬於課程
在 R 中使用 Bioconductor 進行 ChIP-seq
練習說明
- 使用
dba.plotMA()函式建立一個 MA 圖。 - 看一下這張圖,注意顯著差異是如何被標示出來的。
動手互動練習
試著完成這個範例程式碼,體驗一下這個練習。
# Create an MA plot
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