整合峰位
在探索如何註解峰呼叫（peak calls）之前，先看看如何取得一個納入所有樣本呼叫結果的合併峰集合會很有幫助。套件 ChIPpeakAnno 提供 findOverlapsOfPeaks() 函式來達成這個目的。它可將最多 5 個樣本的峰集合（以 GenomicRanges 表示）進行合併。
在使用這個函式之前，你需要先從先前建立的 ChIPQCexperiment 物件中擷取峰呼叫的資訊。你可以透過 peaks() 函式取得峰的位置。注意，這會回傳「所有」樣本的峰呼叫，其中也包含未通過品管（QC）的樣本。在 QC 步驟中，我們已選出要進一步分析的樣本，其索引組成的向量為 qc_pass。
本練習屬於課程
在 R 中使用 Bioconductor 進行 ChIP-seq
練習說明
- 從 ChIPQCexperiment 物件擷取峰。
- 移除所有未通過 QC 的樣本。
- 使用
findOverlapsOfPeaks()函式尋找各峰集合之間的重疊。 - 檢視可於
mergedPeaks項目取得的合併峰集合。
動手互動練習
試著完成這個範例程式碼，體驗一下這個練習。
# Extract peaks from ChIPQCexperiment object
peak_calls <- ___(ar_calls)
# Only keep samples that passed QC
peak_passed <- ___[qc_pass]
# Find overlaps between peak sets
peaks_combined <- ___(peak_passed[[1]], peak_passed[[2]], peak_passed[[3]], peak_passed[[4]], maxgap=50)
# Examine merged peak set
print(___)