檢視 PCA 圖可以讓你從全域尺度了解樣本之間的相似與差異。利用樣本品管(QC)過程產生的輸出,很容易就能對處理後的資料繪製 PCA 圖。下面是通過 QC 的 4 個樣本的圖。
請觀察這張圖,然後思考以下敘述,哪些為真?
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介紹 ChIP-seq 實驗。為什麼它有趣?使用 ChIP-seq 可以研究哪些現象,以及我們能從這些實驗中學到什麼。
現在正式開始 ChIP-seq 分析。本章將介紹用於匯入與清理資料的 Bioconductor 工具。
本章介紹用來識別並視覺化 ChIP-seq 樣本之間差異的技巧。
當前練習
能夠找出樣本族群之間的差異性結合固然重要,但這代表什麼意義?本章將說明詮釋差異性結合結果的策略,從峰值呼叫一路連結到具生物學意義的洞見。