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這些樣本在你看起來一樣嗎?

檢視 PCA 圖可以讓你從全域尺度了解樣本之間的相似與差異。利用樣本品管(QC)過程產生的輸出,很容易就能對處理後的資料繪製 PCA 圖。下面是通過 QC 的 4 個樣本的圖。

請觀察這張圖,然後思考以下敘述,哪些為真?

  1. 樣本會依條件聚成群。
  2. 可以使用 plotPrincomp() 函式建立這樣的圖。
  3. 用 PCA 圖很容易看出哪些 peaks 在群組之間差異最大。

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在 R 中使用 Bioconductor 進行 ChIP-seq

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