定序資料
ChIP-seq 資料集的基本單位是定序讀段（read）。完整的資料集通常包含數百萬個讀段，並儲存在 BAM 檔案中。在這個練習中，你將用第 20 號染色體上一小段區域的讀段，看看在 R 中如何表現這些資料。
讀段已為你載入 R。它們存放在名為 reads 的 GAlignments 物件中。GAlignments 與你在 Bioconductor 入門課程中可能看過的 GenomicRanges 關係密切。這是複習如何操作此類物件的好機會。
請記得 Bioconductor 提供許多存取器（accessor）函式，讓你更容易擷取資料。舉例來說，start() 會擷取所有讀段的起始座標。
本練習屬於課程
在 R 中使用 Bioconductor 進行 ChIP-seq
練習說明
- 列印
reads物件以取得資料摘要。 - 取得第一個讀段的起始位置。
- 取得最後一個讀段的結束位置。
- 決定已選區域中每個位置被多少讀段覆蓋，也就是使用同名函式計算讀段的「覆蓋度」（coverage）。
動手互動練習
試著完成這個範例程式碼，體驗一下這個練習。
# Print the 'reads' object to obtain a summary of the data
print(___)
# Get the *start* position of the first read
start_first <- ___(reads)[1]
# Get the *end* position of the last read
end_last <- ___(___)[length(___)]
# Compute the number of reads covering each position in the selected region
cvg <- ___