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重新檢視 PCA 與熱圖

既然你已經找出樣本之間的主要差異,現在可以建立另一組圖來比較樣本。這些圖與你先前看到的非常相似,但這次只使用差異性結合(differentially bound)的峰值。這能減少圖中的雜訊,並有助於凸顯差異。DiffBind 的繪圖函式有一個 contrast 參數,讓你指定要用哪一個比較來挑選要繪圖的峰值。在本練習中,你會將原始圖與清理後的對應圖進行比較。

本練習屬於課程

在 R 中使用 Bioconductor 進行 ChIP-seq

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動手互動練習

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# Create a PCA plot using all peaks
___(ar_diff, DBA_CONDITION)
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