詳細繪製一個區域
現在換你用 Gviz 來繪製一個基因體區域。此練習中的所有資料都來自同一個樣本的第 20 號染色體。第 20 號染色體的核型圖已為你建立，物件名稱為 ideogram。對齊後的讀取已轉為覆蓋度資料，這些資訊以 GRanges 物件 cover_ranges 提供。你要繪圖的區域中，其峰值呼叫已存於 peak_calls 物件中。
載入此練習所需的所有資料與 R 套件可能需要一點時間。請耐心等候。
本練習屬於課程
在 R 中使用 Bioconductor 進行 ChIP-seq
練習說明
- 建立峰值呼叫的標註軌道。
- 建立讀取覆蓋度的資料軌道。
- 顯示繪圖，從上到下依序呈現：核型圖、覆蓋度軌道、峰值呼叫軌道，以及顯示基因體位置的座標軸。
動手互動練習
試著完成這個範例程式碼，體驗一下這個練習。
# Create annotation track
peak_track <- AnnotationTrack(___, name="Peaks")
# Create data track
cover_track <- ___(cover_ranges, window=10500, type="polygon", name="Coverage",
fill.mountain=c("lighgrey", "lightgrey"), col.mountain="grey")
# Produce plot
___(list(ideogram, ___, ___, GenomeAxisTrack()), chromosome="chr20", from=start_pos, to=end_pos)