峰值呼叫
讀取片段分散在整個基因組各處，但被目標蛋白質結合的位置會吸引許多彼此重疊的讀取，因而在覆蓋度上形成峰值。這些峰值通常會以其基因組座標記錄，並附上一個分數，表示在該峰值觀察到的訊號強度。
我們已經將一組峰值呼叫載入 R。這些峰值呼叫儲存在名為 peaks 的 GenomicRanges 物件中。除了 GenomicRanges 物件的一般取用函式外，對於峰值呼叫，還提供了兩個方便的函式。你可以使用 chrom 取得峰值所在的染色體，並使用 score 取得其分數。
本練習屬於課程
在 R 中使用 Bioconductor 進行 ChIP-seq
練習說明
- 列印
peaks的摘要。 - 使用
score()函式找出分數最高的峰值索引。 - 使用
chrom()與ranges()函式擷取分數最高峰值的基因組座標。
動手互動練習
試著完成這個範例程式碼，體驗一下這個練習。
# Print a summary of the 'peaks' object
print(___)
# Use the score function to find the index of the highest scoring peak
max_idx <- which.max(___(peaks))
# Extract the genomic coordinates of the highest scoring peak using the `chrom` and `ranges` functions
max_peak_chrom <- ___(peaks)[___]
max_peak_range <- ___