讀取 BAM 檔
先從一個 BAM 檔把已比對的 reads 讀入 R。這些檔案以壓縮的二進位格式，儲存 reads 序列與參考基因組之間的比對資訊。從 BAM 檔載入資料是分析基因體資料時的常見步驟。
在這個練習中，你會先把整個 BAM 檔的 reads 全部載入。這很直接，但可能會佔用大量記憶體；因此在第二部分，你會學到只載入感興趣區域內的 reads。
本練習屬於課程
在 R 中使用 Bioconductor 進行 ChIP-seq
練習說明
- 使用
readGAlignments()函式，從「chr20_bam」檔載入 reads。 - 為「chr20_bam」建立一個
BamViews物件，範圍涵蓋第 20 號染色體的 29,805,000–29,820,000 區段。 - 再次使用
readGAlignments()，只載入該檢視範圍內的 reads。 - 使用
str()檢視reads_sub物件。
動手互動練習
試著完成這個範例程式碼，體驗一下這個練習。
# Load reads form chr20_bam file
reads <- ___(chr20_bam)
# Create a `BamViews` object for the range 29805000 - 29820000 on chromosome 20
bam_views <- ___(___, bamRanges=GRanges("chr20", IRanges(start=29805000, end=29820000)))
# Load only the reads in that view
reads_sub <- ___(___)
# Inspect the `reads_sub` object
___(reads_sub)