視覺化蛋白質結合的差異
PCA 圖與系統樹狀圖都顯示，原發性腫瘤與抗治療腫瘤的樣本各自形成一群。 這很有指標性，但還不足以看出差異的具體樣貌。這個練習中，你會建立一個熱圖， 用來比較各樣本間的 peak 強度。這有助於凸顯蛋白質結合的模式，進而區分不同的樣本群。
跨樣本彙整後的 peak 集合已存於 peaks。要從這個物件建立 peak 的熱圖，你需要先知道資料集中有多少個 peak。
合併後的 peak 集合細節可在 peaks 的 merged 條目中取得。
本練習屬於課程
在 R 中使用 Bioconductor 進行 ChIP-seq
練習說明
- 列印
peaks物件。 - 取得合併後 peaks 的座標。
- 萃取資料中存在的 peak 數量。
- 使用
dba.plotHeatmap函式建立熱圖。
動手互動練習
試著完成這個範例程式碼，體驗一下這個練習。
# Print the `peaks` object
print(___)
# Obtain the coordinates of the merged peaks
merged_peaks <- peaks$___
# Extract the number of peaks present in the data
peak_count <- nrow(___)
# Create a heatmap using the `dba.plotHeatmap()` function
___(peaks, maxSites = ___, correlations = FALSE)